Может ли быть проведена экспертиза результатов инженерных изысканий отдельно от проектной документации, для которой они выполнялись?

Может.

часть 3.2 статьи 49 Градостроительного кодекса РФ введена Федеральным законом от 31.12.2005 N 210-ФЗ